Pemupukan tanaman kedelai harus dilakukan berdasarkan kandungan hara pada tanaman. Gejala kekurangan unsur hara pada tanaman kedelai dapat pada cirri-ciri sebagai berikut :1. Gejala kurang hara N- Daun pucat – daun pucat dan kecil- Tumbuh kerdil dan batang lemah- Daun tua cepat gugur- Umum terjadi pada tanah berpasir dan tanah masam2. Gejala kurang hara P- Daun mengecil, daun tua berwarna hijau gelap/kotor, cepat berubah menjadi kuning dan gugur.- Tumbuh kerdi dan batang berwarna ungu (akumulasi antosianin)- Umum terjadi pada tanah tua / masam (oxisol/latosol, ultisol/podsolik, In-ceptisol/pasang-surut)3. Gejala kurang unsut hara K- Daun berwarna kuning/klorosis mulai dari ujung dan tepi daun. Pada kondisi parah klorosis sampai seluruh daun, hanya meninggalkan warna hijau pada tulang daun.- Umum terjadi pada tanah tua / masam (oxisol/latosol, ultisol/podsolik, In-ceptisol/pasang-surut) dan berpasir (kuarsa)4. Gejala kurang hara Mg- Muncul pada daun muda / titik tumbuh- Timbul bintik-bintik coklat / hitam pada permukaan daun- Kekurangan yang parah terjadi nekrosis sehingga daun berwarna coklat dan daun menjadi keriting seperti kena virus, titik tumbuh (akar dan daun) mati- Umum terjadi pada tanah tua / masam (oxisol/latosol, ultisol/podsolik, In-ceptisol/pasang-surut) dengan kandungan Ca dapat ditukar kurang dari 10 me/100 gram- Sumber hara kapur (kalsit, dolomite)5. Gejala kurang hara Mg- Gejala mulai pada daun tua, klorosis berawal dari tepi daun kemudian menjalar ke tengah daun diantara tulang daun. Keparahan yang meningkat menyebabkan warna daun menjadi merah-kekuningan.- Umum terjadi pada tanah tua / masam (oxisol/latosol, ultisol/podsolik, In-ceptisol/pasang-surut)6. Keracunan aluminium- Akar tumbuh tidak normal, pendek, menebal, berwarna coklat dan rapuh sehingga tanaman tumbuh kerdil- Umum terjadi pada tanah tua / masam (oxisol/latosol, ultisol/podsolik, In-ceptisol/pasang-surut) (Sarwani Pagau, SP)