BakteriKebanyakan bakteri yang menyerang biji-bijian yang disimpan adalah suku Psedomonadaceae. Bacillaceae, Micrococaceae, dan Enterobacteriaceae. Bakteri tidak dapat tumbuh pada biji-bijian kecuali jika kandungan air biji-bijian 20% atau lebih, sedang jamur dapat tumbuh pada biji-bijian pada 14% atau kurang. Jamur menyebabkan pembusukan primer sedang bakteri sebagai pembusukan sekunder. Dengan kandungan air yang cukup, bijian dapat menyediakan cukup nutrisi seperti karbohidrat, senyawa-senyawa nitrogen, mineral, dan senyawa-senyawa tambahan untuk penumbuhan bakteri.. Aktivitas bakteri dapat menimbulkan pembusukan pada jaringan-jaringan biji-bijian yang disimpan. Kerusakan ini dapat diakibatkan oleh bekerjanya enzim yang menyerang bahan pektat pada lamella tengah dan sellulosa pada dinding sel. Kerusakan pada biji kedelai disebabkan oleh bakteri Xanthomonas phaseoli (common blight). Bakteri lain yang menyerang kacang-kacangan yang menyebabkan bercak pada polong adalah bakteri hawar Pseudomonas syringae pv pisi dan Pseudomonas syringae pv syringae. Kedua bakteri tersebut terbawa biji dan menyebabkan kerusakan tanaman dan menghasilkan biji-biji yang kecil, kadang-kadang menyebabkan biji menjadi cokelat. JamurPenyebab penyakit jamur dapat juga menyebabkan penyakit pada bahan-bahan yang kering seperti pada biji-bijian, dan dapat pada bahan yang berdaging. Penyerangan pada bijian-bijian umumnya lambat, dan terjadi pada suhu dan lengas nisbi udara yang lebih luas intervalnya, sedang pada bahan yang berdaging berkembang sangat cepat, memerlukan suhu tinggi dengan lengas nisbi udara yang relatif tinggi pula.Hampir semua jenis biji-bijian, buah-buahan maupun umbi membawa spora setelah masa pemanenan. Dari beberapa jasad renik ini berpotensi untuk terjadinya penyakit simpanan dalam kondisi yang cocok, terutama pada biji-bijian yang telah luka sebelum disimpan atau adanya infeksi awal dari pathogen lain.Bermacam jamur menyerang biji-bijian seperti padi, jagung, shorgum, gandum, kacang tanah, kedelai dan barley. Marga yang penting adalah: Fusarium. Helminthosporium, Alternaria, Cladosporium, Aspergillus, Phooma, Chephalothecum, Ophiobolus dan Stemphyllium. Kebanyakan jamur ini bersifat parasit lemah, kecuali Helminthosporium dan Fusarium. Khusus biji yang terserang Penicillium sp akan mematikan embrio dan menimbulkan perubahan warna pada biji, dapat juga terjadi perubahan biokimia sehingga biji akan kehilangan rasa dan menghasilkan racun bagi manusia dan ternak. Jamur yang menyerang biji-bijian dibagi menjadi dua kelompok, yaitu jamur-jamur lapangan (field fungi) dan jamur-jamur simpanan (syorage fungi). Jamur lapangan menyerang biji-bijian sebelum panen dan bersifat parasit. Jamur-jamur tersebut antara lain marga Alternaria,Curvularia, Drechslera, dan Fusarium. Jamur-jamur simpanan terdapat pada biji-biji setelah disimpan dan biasanya bersifat saprofit atau parasit fakultatif. Pada biji padi yang baru dipanen terdapat berbagai jenis jamur: Helminthosporium, Curuularia,Piricularia, Alternaria, Cladosporium, Fusarium, Epicaccum, Phoma dan beberapa jenis jamur lainnya yang bersifat pathogen yaitu Tilleria dan Ustilagiomoidea. Bila kadar air padi setelah panen dapat diturunkan hingga 14% maka akan terjadi perubahan dominasi sehingga jamur penyimpanan menjadi dominan yang terdiri dari jenis pergillus dan Penicillium. Selanjutnya bila kadar air diturunkan sampai Virus Beberapa macam virus dapat menyebabkan penyakit pada bahan yang disimpan. Gejala biasanya berbentuk mosaic. Gejala mosaic yang terjadi disebabkan destruksi khlorofil atau pigmen secara tidak teratur. Sering juga terjadi gejala laten dan baru Nampak setelah bahan-bahan telah berada di dalam simpanan. Dalam kondisi yang memungkinkan, virus dapat menyebabkan bahan-bahan cepat menjadi busuk. Penyakit yang disebabkan virus di dalam bahan yang disimpan, kebanyakan berasal dari lapangan. Pada umbi ubi jalar virus dapat menyebabkan gejala "internal cork". Beberapa virus penyebab penyakit pasca panen, khususnya pada kacang-kacangan antara lain Alfalfa Mosaic Virus (AMV), Cucumber Mosaic Virus (CMV), Pea Seedborne Mosaic Virus (PSBMV), dan Bean Yellow Mosaic Virus (PCSBMV), dan Bean Yellow Mosaic Virus (BYMV). Gejala yang sering Nampak yaitu biji menjadi kecil, klorosis, kerdil, warna biji menjadi ungu coklat, serta menurunkan produksi. (Sri Wijiastuti, Penyuluh Pertanian pada Pusat Penyuluhan Pertanian, BPPSDMP).Sumber: Penyakit Penyakit Pasca Panen Tanaman Pangan) oleh Prof. Dr. Ir. Siti Rasminah Chailani). 2010.