Habitat merupakan salah satu faktor lingkungan yang menjadi daya dukung perkembangan populasi tikus sawah. Tersedianya habitat yang memadai akan menguntungkan tikus untuk mendapatkan tempat hidup dan tempat berkembangbiak dengan baik. Oleh karena itu, pemahaman habitat tikus sangat diperlukan dalam upaya pengelolaan populasi tikus, khusunya pada lahan sawah dengan pertanaman padi. Tikus sawah termasuk binatang yang aktif pada malam hari (nokturnal). Pada siang hari tikus berlindung di dalam sarang dengan membuat liang di dalam tanah atau di semak-semak. Penelitian dengan menggunakan pelacak gelombang radio (radio tracking) menunjukkan bahwa pada malam hari tikus lebih banyak mengunjungi daerah pertanaman padi sebanyak 60% dibandingkan berbagai jenis habitat lain yang ada disekitarnya. Pada siang hari tikus lebih banyak berada di luar daerah pertanaman padi yaitu di tanggul irigasi dan daerah-daerah dekat perkampungan. Tikus sawah pada siang hari sebanyak 83% tinggal di daerah pematang dan sebaliknya pada malam hari sebanyak 95% aktif di tengah pertanaman padi. Daya jelajah tikus jantan lebih besar dari tikus betina dengan pergerakan tikus 63% berada di daerah pertanaman padi selama musim tanam padi. Tikus memilih sarang terutama pada habitat yang memberikan perlindungan dan aman dari gangguan predator serta dekat dengan sumber pakan dan air. Sarang tikus berfungsi sebagai tempat berlindungan, memelihara anak dan untuk menimbun pakan. Sejalan dengan bertambahnya anggota kelompok tikus di dalam sarang, maka jaringan sarang akan semakin luas. Pada stadium padi vegetatif , konstruksi sarang masih dangkal, pendek dan belum banyak cabang. Setelah pertumbuhan tanaman padi mencapai stadium generatif, konstruksi sarang tikus menjadi lebih dalam, panjang dan bercabang-cabang serta mempunyai pintu keluar lebih dari satu pintu. Pada kondisi tersebut tikus mempersiapkan diri untuk beranak. Panjang dan volume sarang tikus pada stadium padi generatif dua kali lebih panjang dan lebih besar dibanding pada stadium padi vegetatif. Panjang sarang rata-rata empat meter dan isinya mencapai 10,3 liter, ini diperlukan untuk membesarkan anak-anak tikus. Tingkat hunian sarang tikus bervariasi tergantung kondisi lingkungan dan tidak semua sarang dihuni oleh tikus (aktif). Pada periode kekurangan pakan dan banjir sarang tikus akan ditinggalkan. Ini terjadi pada saat sawah periode bera, periode pengolahan tanah dan periode tanam. Pada periode tersebut tikus berimigrasi dan akan kembali setelah pertanaman padi berumur dua bulan atau menjelang stadium padi generatif, pada pertanaman padi berumur satu bulan hanya 35% sarang yang dihuni. Sebanyak 97% tikus sawah khususnya dari jenis R. argentiventer, membuat sarang pada pematang dengan ketinggian 15 cm dan lebar 30 cm atau lebih. Teridentifikasi 5 jenis habitat tikus sawah di ekosistem sawah irigasi dan didapatkan habitat tepi kampung dan tanggul irigasi merupakan habitat yang paling banyak dihuni tikus sawah. Adapun lokasi tangkapan tikus sawah dari yang paling tinggi sampai yang terendah sebagai berikut: Habitat kampung; Tanggul Irigasi ; Jalan Sawah; Parit Sawah; dan Tengah Sawah. Habitat kampung merupakan habitat yang menjadi tujuan tikus sawah migrasi pada periode bera, untuk mendapatkan pakan alternatif dan tempat berlindung sementara. Oleh karena itu, tangkapan tikus pada habitat kampung selama periode bera selalu paling tinggi dibandingkan tangkapan pada habitat lain. Tikus sawah di habitat kampung pada umumnya tidak membuat sarang, tetapi berlindung dalam tumpukan jerami atau kayu, kandang ternak dan bahkan rumah penduduk. Memang tangkapan tikus yang paling tinggi pada habitat kampung, tetapi tidak menemukan sarang aktif tikus di habitat tersebut. Tanggul irigasi di ekosistem sawah irigasi merupakan habitat penting tikus sawah dan merupakan habitat utama berkembangbiak. Habitat tanggul dipilih tikus sawah karena apabila terjadi banjir, sarang tikus pada tanggul irigasi tersebut tidak terendam air. Pada umumnya tanggul irigasi dibangun dari tanah berukuran lebar 1 – 2 meter dengan tinggi lebih dari satu meter. Di daerah habitat tanggul irigasi maupun kampung pada umumnya masih tersedia sumber air dan pakan tikus alternatif ketika sawah dalam keadaan bera, sehingga habitat tersebut disebut sebagai habitat perlindungan tikus. Dengan mengetahui habitat tikus sawah, semoga dapat dikendalikan populasi tikus di lahan persawahan.