Umbi sebagai organ hidup tanaman tetap melakukan metabolisme dan respirasi setelah dipanen. Berbeda dengan ubi jalar atau talas, dimana ubi juga berfungsi sebagai alat perkembangbiakan, umbi ubi kayu hanya berfungsi sebagai penyimpan energi (hasil fotosintesa). Umbi ubi kayu merupakan bahan yang tidak tahan lama disimpan dan mudah rusak (perishable). Secara umum umbi tidak dapat disimpan lebih dari 3 x 24 jam setelah dipanen karena umbi telah menjadi poyoh, jaringan pengangkutan berwarna biru yang dikenal dengan vascular streaking, yang selanjutnya diikuti oleh perubahan warna jaringan yang menyimpan pati sehingga umbi tidak dapat diterima oleh konsumen. Adanya sejumlah jenis bakteri dan jamur yang berhasil diisolasi dari ubi yang disimpan dengan berbagai kondisi menunjukkan bahwa kerusakan ubi ubi kayu adalah hal yang kompleks, melibatkan lebih dari satu mikroorganisme. Menurut Majumder (1955 cit. FAO 1985) terdapat dua tipe busuk yang berbeda yaitu busuk kering yang terjadi pada keadaan aerob dan disebabkan oleh jamur Rhizopus sp. dan busuk basah yang terjadi pada keadaan anaerob, disebabkan oleh Bacillus sp. Kerusakan dan penurunan kualitas umbi setelah dipanen dan disimpan dalam penyimpanan umumnya berasosiasi dengan infeksi jamur dan bakteri. Adanya kontaminasi mikroorganisme ini ditandai dengan adanya perubahan warna, penurunan kualitas dan nilai jual, dan adanya toksin (mycotoxin) yang dihasilkan mikroorganisme tersebut. Terlebih kondisi di daerah tropika (termasuk Indonesia) yang hangat dan lembab merupakan kondisi yang cocok untuk perkembangan jamur sehingga dalam waktu singkat miselia jamur dapat menutupi umbi yang disimpan tersebut. Selain kondisi ruang penyimpanan yang kurang memadai, salah satu penyebab umbi ubi kayu menjadi cepat rusak oleh infeksi jamur/bakteri adalah kadar air umbi yang tinggi saat dipanen (lebih kurang 60%). Oleh karena itu di beberapa daerah terutama yang menggunakan ubi kayu sebagai makanan pokoknya, petani memproses menjadi beberapa produk dan mengeringkannya dengan sinar matahari sehingga kadar airnya lebih rendah antara lain dalam bentuk gaplek, sawut, dan chip. Beberapa jamur yang terlibat dengan kerusakan umbi/chip ubi kayu terdapat yaitu Jenis jamur/bakteri: Rhizopus, Monilia, Botryodiplodia, Fusarium, Aspergillus, dan Penicillium, produk yang dirusak gaplek di Negara Indonesia, Referensi Pusposendjoyo198 Jenis jamur/bakteri: Aspergillus clavatus, A. flavus, fumigatus, niger, A. ochraceous, A. versicolor produk yang dirusak chip, di Negara Kamerun, Referensi Essono et al 2007. Jenis jamur/bakteri: Rhizopus stolonifer, Penicillium expansum, Fusarium moniliforme, Aspergillus niger, produk yang dirusak umbi, di Negara Nigeria Referensi Okoi et al. 2014. Jenis jamur/bakteri: Alternaria sp., Aspergillus niger, A. fumigatus, Cylindrocarpon lichenicola, Fusarium oxysporum, Geotrichum candidum, Mucor biemalis, Rhizopus oryzae dan Scopulariopsis candida, produk yang dirusak umbi , di Negara Nigeria, Referensi Ibrahim dan Shehu 2014. Jenis jamur/bakteri: A. flavus, Fusarium verticillioides, Penicillium, chrysogenum, Phoma sorghina, Rhizopus oryzae, Mucor piriformis, produk yang dirusak Chip, di Negara Chip, Referensi Gnonlonfin et a2008. Kontaminasi dan infeksi umbi oleh jamur atau bakteri akan mengakibatkan umbi menjadi rusak dan busuk, kandungan unsur dan nilai gizinya rendah sehingga tidak dapat diterima konsumen. Selain merusak fisik dan nilai gizi, beberapa jamur juga dapat menghasilkan toksin yang berbahaya bagi manusia ataupun hewan yang mengkonsumsi umbi atau produk umbi yang terkontaminasi tersebut (Essono et al. 2007), meskipun Gnonlonfin et al. (2008) berdasar hasil analisis menggunakan HPLC pada chip ubi kayu yang terinfeksi jamur A. flavus, Fusarium verticillioides, Penicillium chrysogenum, Phoma sorghina, Rhizopus oryzae, dan Mucor piriformis tidak menemukan kontaminasi aflatoksin dan fumonisin B1. Adanya luka pada umbi saat dipanen dan kotoran/tanah yang melekat pada umbi akan memudahkan terjadi kontaminasi dan infeksi mikroorganisme pada umbi yang disimpan. Oleh karena itu menyimpan umbi yang utuh dan bersih merupakan cara untuk memperpanjang umur penyimpanan. Suhu ruang/tempat penyimpanan. Suhu yang ideal untuk menyimpan umbi ubi kayu segar adalah 3 oC atau menyimpan dalam refrigerator. Namun tentunya hal ini kurang pas bagi petani ubi kayu yang lemah ekonominya. Lagi pula cara ini hanya dapat menyimpan umbi dalam jumlah yang kecil. Cara lain dengan meyimpan produk ubi kayu dalam keadaan beku (frozen). Cara ini telah digunakan oleh para ekportir/industri pengolahan ubi kayu. Pada kondisi suhu dingin dan beku, infeksi oleh mikroorganisme tidak terjadi. Lama penyimpanan. Makin lama umbi disimpan berarti makin lama pula terjadi interaksi antara patogen-umbi. Pada kondisi demikian apabila kondisi ruang penyimpanan sesuai untuk perkembangan penyakit, maka akan terjadi infeksi dan intensitas serangan penyakit menjadi lebih tinggi. . Perbaikan cara penyimpanan. Di Nigeria, penyimpanan umbi ubi kayu dengan serbuk gergaji lembab dalam kotak yang tertutup dapat menghindarkan dari infeksi jamur atau bakteri dan dapat disimpan dengan baik hingga tiga minggu. Serbuk gergaji lembab berfungsi sebagai tanah sehingga tumbuh akar sekunder. Gas dan panas yang terjadi pada kotak tertutup berefek sebagai curing pada umbi yang disimpan (Udoudoh 2011). Fungisida. Beberapa jamur diketahui berada pada permukaan umbi ubi kayu yang baru dipanen. Oleh karena itu sterilisasi permukaan dengan menggunakan kalsium hipoklorida atau Klorok dan menyimpan pada kantong polyethilen dapat memperpanjang umur simpan umbi (Ikediugwu dan Ejale 1980). Fungisida nabati. Beberapa ekstrak tanaman diketahui dapat menekan pertumbuhan jamur penyebab kerusakan ubi dalam simpanan. Amadioha dan Markson (2007) melaporkan bahwa ekstrak etanol dan air dari biji Piper nigrum memberikan hasil terbaik dalam menekan jamur Rhizopus oryzae, diikuti ekstrak biji Aframomum meleguata, ekstrak daun Ageratum conyzoides dan ekstrak daun P. nigrum. Ekstrak tersebut lebih efektif menghambat perkembangan busuk pada umbi yang tidak terluka dibanding umbi luka terutama apabila dilakukan sebelum terjadi infeksi.