Jagung budidaya dianggap sebagai keturunan langsung sejenis tanaman rerumputan mirip jagung yang bernama teosinte (Zea mays ssp. parviglumis). Dalam proses domestikasinya, yang berlangsung paling tidak 7 000 tahun lalu oleh penduduk asli setempat, masuk gen-gen dari subspesies lain, terutama Zea mays ssp. mexicana. Istilah teosinte sebenarnya digunakan untuk menggambarkan semua spesies dalam genus Zea, kecuali Zea mays ssp. mays. Proses domestikasi menjadikan jagung merupakan satu-satunya spesies tumbuhan yang tidak dapat hidup secara liar di alam[5].Gua Guila Naquitz di Oaxaca, Meksiko, lokasi ditemukannya sisa jagung tertua di dunia. Petunjuk-petunjuk arkeologi mengarah pada budidaya jagung primitif di bagian selatan Meksiko, Amerika Tengah, sejak 7 000 tahun lalu. Sisa-sisa tongkol jagung kuno yang ditemukan di Gua Guila Naquitz, Lembah Oaxaca berusia sekitar 6250 tahun; tongkol utuh tertua ditemukan di gua-gua dekat Tehuacan, Puebla, Meksiko, berusia sekitar 3450 SM.[6][7]. Bangsa Olmek dan Maya ditengarai sudah membudidayakan di seantero Amerika Tengah sejak 10 000 tahun yang lalu dan mengenal berbagai teknik pengolahan hasil. Teknologi ini dibawa ke Amerika Selatan (Ekuador) sekitar 7 000 tahun yang lalu, dan mencapai daerah pegunungan di selatan Peru pada 4 000 tahun yang lalu. Pada saat inilah berkembang jagung yang beradaptasi dengan suhu rendah di kawasan Pegunungan Andes.[8]. Sejak 2500 SM, tanaman ini telah dikenal di berbagai penjuru Benua Amerika[9]. Kedatangan orang-orang Eropa sejak akhir abad ke-15 membawa serta jenis-jenis jagung ke Dunia Lama, baik ke Eropa maupun Asia. Penyebaran jagung ke Asia dipercepat dengan terbukanya jalur barat yang dipelopori oleh armada pimpinan Ferdinand Magellan melintasi Samudera Pasifik. Di tempat-tempat baru ini jagung relatif mudah beradaptasi karena tanaman ini memiliki plastisitas fenotipe yang tinggi. Jagung masuk Nusantara diperkirakan pada abad ke-16 oleh penjelajah Portugis[10]. Akibat riwayat yang cukup tua ini, berbagai macam nama dipakai untuk menyebutnya. Kata "jagung" menurut Denys Lombard merupakan penyingkatan dari jawa agung, berarti "jewawut besar"[11], nama yang digunakan orang Jawa dan diadopsi ke dalam bahasa Melayu. Beberapa nama lokal adalah jagong (Sunda, Aceh, Batak, Ambon), jago (Bima), jhaghung (Madura), rigi (Nias), eyako (Enggano), Kec. Mataru (Kab. Alor), (Sumba), latung (Flores), fata (Solor), pena (Timor), gandung (Toraja), kastela (Halmahera), telo (Tidore), binthe atau binde (Gorontalo dan Buol), dan barelle´ (Bugis)[12]. Di kawasan timur Indonesia juga dipakai luas istilah milu[13], yang nyata-nyata merupakan adaptasi dari kata milho, berarti "jagung", dalam bahasa Portugis.